1949年10月，朱兆祥到北京协助化学家袁翰青组建中央文化部科学普及局 ，主持辅导处工作
，按照政协共同纲领中普及科学知识的条款推动全国科学普及活动
。根据他的建议，在各大城市推动建立科学馆、天文馆 ，组织科学展览，出版科学普及读物；在县城和农村则以文化馆为基点组织有关天文现象 、农业病虫害和妇幼卫生等科学知识的巡回展览
，其观众在华北和西北各省平均每县达8万人。他主张成立全国科学技术普及协会，以促使科学普及工作发展成为科学界的群众性活动 。与此同时 ，他参加了中国科学工作者协会总会活动
，协助推动中华全国自然科学工作者代表大会的组织工作
。

1950年8月，他当选为新成立的中华全国科学技术普及协会常务委员 ，负责组织协会的秘书处
，协助协会主席林学家
、梁希组织各省市的分、支会，在全国组织科学讲演会 ，从全年1万次发展到几十万次之多。同时
，他又被选举为中共全国科联科普联合支部书记，义不容辞地协助推动中华全国自然科学专门学会联合会秘书处的工作 ，开展学会活动 。在多年从事科学组织活动中
，他坚持科学工作者是各类科学团体的主体，竭力纠正团体的专职机关（秘书处）的“衙门化 ”倾向
。他认为科学家在旧社会有反对黑暗统治的自觉 ，在新社会有在科学研究 、教育和普及方面贡献力量、建设社会主义的积极性。组织者要虚心为科学家服务，发扬民主
，使科学家能够发挥